میکروسکوپ ها بر اساس اصل میکروسکوپ طبقه بندی می شوند و می توان آنها را به میکروسکوپ پلاریزه، میکروسکوپ نوری، میکروسکوپ الکترونی و میکروسکوپ دیجیتال تقسیم کرد.
1. میکروسکوپ پلاریزه نوعی میکروسکوپ است که در موسسات تحقیقاتی برای مواد ناهمسانگرد شفاف و مات استفاده می شود و کاربردهای مهمی در رشته های علوم و مهندسی مانند زمین شناسی دارد.
2. میکروسکوپ های نوری معمولاً از قطعات نوری، قطعات نورپردازی و قطعات مکانیکی تشکیل شده اند. یک میکروسکوپ نوری میتواند یک جسم را 1600 برابر با حداقل وضوح 0.1 میکرومتر بزرگنمایی کند.
3. میکروسکوپهای الکترونی دارای ویژگیهای ساختاری اولیه مشابه میکروسکوپهای نوری هستند، اما قابلیت بزرگنمایی و تفکیک بسیار بالاتری برای اجسام دارند و از جریان الکترونی به عنوان منبع نور جدید برای تصویربرداری از اجسام استفاده میکنند.
4. میکروسکوپ های قابل حمل عمدتاً توسعه ای از سری میکروسکوپ های دیجیتال و میکروسکوپ های ویدئویی هستند که در سال های اخیر توسعه یافته اند.
